Метафизический натурализм стремится исключить существование неестественных или сверхъестественных сущностей и считает, что каждая сущность является естественной. Однако, не все философы дают точное определение естественных сущностей. Некоторые примеры неестественных сущностей, которые не вписываются в естественнонаучную картину мира, включают нематериальные умы или души, жизненные флюиды и божества.